Městské muzeum v Moravském Krumlově je spojeno s Galerií a sídlí v tzv. Knížecím domě na náměstí TGM 40. Muzeum nemá zatím svou stálou expozici.

Výstavní prostory se využívají k pořádání muzejních a galerijních výstav, koncertů, přednášek, loutkových divadel a jiných akcí. Samotné městské muzeum spravuje kolem 60 000 předmětů, především archeologických sbírek z Mor. Krumlova a nejbližšího okolí, dále pak hodnotné historické sbírky.